Endoszkópia során a test belsejébe nyílik belátás egy speciális eszközzel. Általában természetes testnyílásokat használnak az endoszkóp bevezetéséhez, úgy mint az orrnyílás, a száj, a fül, a hüvely (csak nőstény állatok esetén) vagy a végbélnyílás. A fényforrással ellátott eszközt bevezetve pontosabb képet kaphatunk az adott, üreges szerv belsejének szerkezetéről, az ott fellelhető elváltozásokról, legyen szó akár gyulladásról, fekélyekről, polipokról vagy daganatokról. A vizsgálat minden esetben altatásban történik, hiszen éber, tudatánál lévő állat nem tűrné el az endoszkóp levezetését, légúti illetve gyomorendoszkópia esetén pedig köhögési reflex, ill hányás léphet fel altatás nélkül.

A vizsgálat során lehetőség van különféle mintavételekre is, úgymint szövettani, citológiai minták vételére, vagy a munkacsatornába sterilen bevezetett mintavevő pálcával az esetlegesen fellelhető váladékból tenyésztésre is lehet mintát venni. Az endoszkópia során nyert mintákat partner laborok elemzik, és adják a megfelelő szövettani, citológiai vagy bakteriológiai diagnózist. 

Emésztőszervi endoszkópia

Gasztroszkópia során a garat, a nyelőcső és a gyomor vizsgálata történik a szájon és a nyelőcsövön át levezetett endoszkóppal. Gyakori hányás, nyelési zavarok okának felderítésére alkalmas, illetve segítségével gyakran lehet diagnosztizálni gyomorfekélyt, vagy éppen a gyomorban megrekedt idegen testeket.

Végbélendoszkópiára is lehetőség van, bár ez az alkalmazása az emésztőszervi endoszkópiának ritkább. Segítségével az esetlegesen előforduló végbéldaganatok és szűkületek diagnózisára van lehetőség, amik a nehezített bélsárürítés hátterében állhatnak.

Légúti endoszkópia

Rhinoszkópia során az orrjáratokat, az orrkagylókat tekinti át a vizsgáló az orrnyíláson át bevezetett vékony endoszkóppal. A vizsgálat indikációja leggyakrabban orrvérzés, konzervatív kezelésre nem múló gennyes orrfolyás, idegen test vagy daganat gyanúja. Gyakori a bakteriológiai illetve mikológiai mintavétel, aminek segítségével a makacs felsőlégúti fertőzések oka is felderíthető.

Légúti endoszkópia során a vizsgáló a gége működését tekinti át először, a porcok épségét és a működés szimmetriáját. Alkalmas lehet a ritkán előforduló gégedaganatok vagy a gégebénulás diagnosztizálására. A gégenyíláson átjutva az egész légcső áttekinthető egészen a végén található elágazásig (szaknyelvi nevén a bifurkációig), ahol a légcső először két, majd több hörgőre elágazva halad tovább a két tüdőfélbe. Ilyenkor fény derülhet a főleg kistestű fajtáknál előforduló tracheakollapszus (légcsőösszeesés) fennállására és mértékére is, illetve idegen testek, gyulladás jeleit keresi a vizsgáló. A légcsőből szintén lehetőség van bakteriológiai mintavételre az esetlegesen előforduló váladékból.